协会设五个职能部门，分别是：研讨部、活动部、宣传部、外联部、秘书部，其各个机构主要职能如下：

研讨部：是协会的特色部门，根据会员的特长、兴趣和爱好，策化确定参赛小组成员组成，组织对项目组会员进行技术培训。

活动部：负责协会活动的策划，活动地点的联系以及活动的组织。

宣传部：负责协会的宣传活动，通过出海报、通知、横幅以及广播的形式，扩大协会在校内外的影响力。

外联部：负责代表协会与其他校内协会以及校外建模协会外联部的交流，外部协议的洽谈，协会外事协议书的起草、交换、管理。

秘书部：负责会刊的编辑和各项会内资料档案的管理以及会议记录和网上通告的发布。